През многовековната история на града топлите минерални извори са били важен градообразуващ фактор и ценно негово богатство. Термалната зона е разположена по разседа между Хисарлъка и котловината и се намира в чертите на града. Тя обхваща една ивица с дължина около 600 м и приблизителна ширина от 200 м. Броят на изворите от Кюстендилското термално находище е около 30. През 1910 г. водата от изворите е каптирана в обща събирателна шахта. От нея е прокаран водопровод до централната баня. Оттук водят отклонения за другите бани и за оранжериите. През 1955—1957 г. в района на термалното находище се проведоха сондажи за хидрогеоложки проучвания. Увеличи се дебитът на минерална вода. Новите извори са отведени в стария каптаж. Общият дебит па термалната сода засега е около 2400 л/мин. Проучванията продължават, понеже дебитът не задоволява все по-нарастващите нужди.

Водата е бистра и безцветна със силен мирис на сероводород. Тя е слабо минерализирана (700 мг/л), хидрокарбонатна, сулфатна, натриева, сулфидна, флуорна, силициева. Има висока алкална реакция. Серните съединения са 11,3 мг/л. Средната температура на водата е 73°, затова преди употреба в баните тя се изстудява в открити басейни. Лечебните свойства на минералната вода се дължат главно на голямото съдържание на сулфидни елементи и на сероводорода. Предполага се, че обогатяването с хидросулфиди се явява следствие от разтворителното действие на термалната вода и водните пари върху сулфидните материали, които се намират в скалите на Осоговската планина. Минералната вода се прилага за лечение чрез бани, промивки и инхалации. Кюстендил е специализиран за лечение на следните основни заболявания: 1. Заболявания на опорнодвигателния апарат: състояние след прекаран остър ревматичен полиартрит, инфекциозни поли-артрити в хроничен стадий, травмени и огнестрелни полиартрити, болестта на Бехтерев. 2. Гинекологични заболявания — главно стерилитет (безплодие) у жените. 3. Травмени и възпалителни заболявания.

Липсата на големи студове, на резки температурни промени, на мъгли, както и меката зима и удължаването на пролетта и есента са благоприятен фон на балнеолечението и то може да се прилага целогодишно. Кюстендил разполага през всички сезони с плодове, затова предлага големи възможности и за плодолечение. Всеки годишен сезон предлага своя чар и богатства на почиващите и гостите на града.

Механизмът на въздействие на минералната вода върху човека е твърде сложен и вее още. недостатъчно проучен. За минералната вода от типа на кюстендилската се приемат няколко момента на въздействие. Високата температура е един от тих. Тя се явява мощен дразнител на рецепторите, намиращи се в кожата и подлежащите тъкани, в резултат на което се получава в една или друга стенен съдораз-шнряващ ефект. Това на свой ред ,рязко подобрява обмяната на веществата и трофиката па тъканите. Променя реактивността па нервната система, съотношението па ферментите й особено хиалуропидазата, като се повишава нейната активност. Всичко това подтиска подострил възпалителен процес и особено реактивния възпалителен процес при травма или дегенеративно ставно и околоставно заболяване. Повишава се активността на жлезите с вътрешна секреция, и то главно па падбъбречната система, в резултат на което описаният ефект се засилва.

Немалка е ролята и на химическия състав на водата. Чрез него се осъществява фармакодинамичното действие па минералната вода. Водещо в това отношение е значението на сярата, нейните соли и различните йони. Сярата в минералната вода лесно се резорбира от организма и в особено благоприятна форма. Сероводородът се резорбира от кожата и преминава "от минералната вода в организма. През последните години се доказа, че ие само сероводородът, но и елементарната сяра и полисулфидите, дори и сулфатите могат да преминават от минералната вода през кожата.Резорбцията на сярата през кожата зависи от температурата и рН на водата. По-силно е при по-висока температура и при по-кисела реакция.

Минералната вода е бистра, безцветна, със силен мирис на сероводород, характеризира се като слабо минерализирана,хипертермална, сулфатно-натриева, сулфидна, флуорна и силициева. Температурата при извора е 73,4°,С, а при лечебните заведения 67—68° С. Общата й минерализация е 719,51 мг на литър. Общата метасилициева киселина е 134,41 мг. Радиоактивността е 3,7 емана на литър. Сухият остатък при 105° С е под 532 мг. Реакцията на водата е алкална (рН=8,49).

Едно от най-новите преимущества за туризъма на Кюстендил е "Стримон Спа Клуб", азположен в централната част на град Кюстендил.Стримон Spa Клуб предлага 69 луксозни стаи, 4 прекрасни апартамента и 2 великолепни мезонета. Всички стаи са обзаведени с климатици, сателитна TV, радио, интернет, директен телефон с гласова поща, мини бар, личен сейф, сешоар, 24-часов рум сървис, вана или душ кабина в баните, джакузи в мезонетите, халати, пералня и химическо чистене, удобства за хора с увреждания. На разположение на гостите на хотела е цялостна верига за резервации, бизнес, пътувания и търговски услуги.

Малко са курортите в България, които притежават благоприятните условия на Кюстендил. Затова тук идват ежегодно 40—50 000 души на почивка и лечение.Старите бани и сега се използуват за хигиенни цели от гражданите, а отчасти и за балнеолечение, но те не отговарят на все по-нарастващите нужди и на лечебно-профилактичните задачи на съвременното балнеолечение. Затова през последните 10—15 години в града бяха построени модерни и добре обзаведени балнеоса-наториуми и най-модерната в страната балнеофизио-лечебница с курортна поликлиника.

В Кюстендил засега съществуват следните минерални бани и балнеолечебници. Централната баня („Чифте баня") заедно с малкия археологически музей и останките от асклепиона заема триъгълника между улиците „Хр. Смирненски", „Ст. Караджа" и „Фр. Енгелс". Главният й вход е откъм бул. „Дим. Каляшки". Сградата е двуетажна, има 4 кубета, които се забелязват отдалече. Построена е през 1912 г. с оглед да се задоволят хигиенните нужди па гражданите от една по-модерна баня, с по-добри условия за къпане в сравнение със старите турски хамами. Банята има две отделения за мъже и за жени. Венко отделение има по три басейна с различна температура на водата—36°, 38° и 41°.Друга баня („Алай баня") се намира на ул, „Цар Крум" до реката. Сградата е двуетажна, разположена сред малка градина. Тя е построена на мястото на старата турска баня. Има дневна пропускателна способност 700 души. Използува се предимно за балнеолечебни нужди. Притежава басейн, общо отделение с вани за лечебни процедури и др. В сградата на банята е обзаведен гинекологичен кабинет и отделение за светлинно електро-лечение.„Дервиш баня" се намира в центъра на града па ул. „Иван Шишман" № 2. Тя е стара турска построй-от 1566 г. В нея има и басейн и курни за къпане. Използува се само за хигиенни нужди.

Благодарение на благоприятните условия и голямото наличие на миенална вода, кюстендилските атлети постигат невевероятни успехи във всяка една дисциплина. Кюстендилската минерална вода е е един от голените фактори допринесли развитието на града.

Последните отличия бяха поставени от кюстендилската плувкиня Василена Мутавджийска, която спечели 4 медала по време на републиканското първенство по плуване за жени в Пловдив. Настоящата студентка на УНСС завоюва златен медал на 4 по 100 метра свободен стил,сребро на 50 метра кроул, сребро в смесената щафета 4 по 100 метра и бронзово отличие на 50 метра гръб. Василена Мутавджийска е дългогодишна състезателка на кюстендилския клуб, с треньор Васил Маринков. В последната 1 година не е участвала в състезания.

Въпреки неспособноста на работа на един от басейните в Кюстендил, той все още един от големите плувни центрове в България. За сметка на това в града се намира "Стримон Спа" - един от най-добрите центрове на балканите, който е снабден с уникална качества. Съобразен е с последните модерни изисквания на съвременната балнеология и е снабдена с модерна техника. Разположен е в центъра на града в курортната зона сред малък, но красив и добре поддържан парк; ориентирана е па юг и има прекрасен изглед към Хисарлъка.